La transparence financière est totale, et les frais de fonctionnement minimes, car l’association est gérée par des bénévoles et hébergée par l’hôpital Lariboisière.

Le budget  de Douleurs sans Frontières a des sources diverses :
Ministère des Affaires Etrangères, Ministère de la Recherche et de la Technologie, Institut Pasteur, Centre National d’Etudes Spatiales, Nations Unies (Unicef) missions culturelles et scientifiques françaises, Coopérations Norvégienne, Finlandaise, Néo-Zélandaise et Japonaise

Fondations européennes ou américaines

Agence Française de Développement

Dons privés

Mécénat d’entreprises (prévention sida)

Gala annuel de bienfaisance.

En 2008 le budget de Douleurs sans frontières est consolidé à  5 403 428  € .